PANELES DE SECUENCIACIÓN MASIVA (NGS)

1. PANELES NGS PARA EL ESTUDIO DE TEJIDO TUMORAL PARAFINADO

1.1. Panel de NGS de 22 genes (DNA).

Estudio de DNA mediante secuenciación masiva de mutaciones, indels e inversiones en 22 genes relacionados con cáncer: EGFR, ALK, ERBB2, ERBB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, DDR2, KRAS, PIK3CA, BRAF, AKT1, PTEN, NRAS, MAP2K1, STK11, NOTCH1, CTNNB1, SMAD4, FBXW7 y TP53.

1.2. Panel de NGS de 52 genes (DNA y RNA).

Estudio simultaneo de DNA y RNA mediante secuenciación masiva para la detección de mutaciones, indels, alteraciones en el número de copias (CNVs) y genes de fusión en 52 genes relacionados con cáncer: ABL1, AKT1, AKT3, ALK, AR, AXL, BRAF, CCND1, CDK4, CDK6, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERG, ESR1, ETV1, ETV4, ETV5, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, GNA11, GNAQ, HRAS, IDH1, IDH2, JAK1, JAK2, JAK3, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, MYC, MYCN, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, PPARG, RAF1, RET, ROS1 y SMO.

1.3. Panel de NGS de 161 genes (DNA y RNA).

Estudio simultaneo de DNA y RNA mediante secuenciación masiva para la detección de mutaciones, indels, alteraciones en el número de copias (CNVs) y genes de fusión en 161 genes relacionados con cáncer: AKT1, AKT2, AKT3, ALK, AR, ARAF, ARID1A, ATM, ATR, ATRX, AXL, BAP1, BRAF, BRCA1, BRCA2, BTK, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CDK2, CDK4, CDK6, CDK12, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CHEK1, CHEK2, CREBBP, CSF1R, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC2, ERG, ESR1, ETV1, ETV4, ETV5, EZH2, FANCA, FANCD2, FANCI, FBXW7, FGF19, FGF3, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT3, FOXL2, GATA2, GNA11, GNAQ, GNAS, H3F3A, HIST1H3B, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, IGF1R, JAK1, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KNSTRN, KRAS, MAGOH, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAPK1, MAX, MDM2, MDM4, MED12, MET, MLH1, MRE11A, MSH2, MSH6, MTOR, MYB, MYBL1, MYC, MYCL, MYCN, MYD88, NBN, NF1, NF2, NFE2L2, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NRAS, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, PALB2, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PIK3CB, PIK3R1, PMS2, POLE, PPARG, PPKACA, PPP2R1A, PRKACB, PTCH1, PTEN, PTPN11, RAC1, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RB1, RAF1, RELA, RET, RHEB, RHOA, RICTOR, RNF43, ROS1, RSPO2, RSPO3, SETD2, SF3B1, SLX4, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMO, SPOP, SRC, STAT3, STK11, TERT, TOP1, TP53, TSC1, TSC2, U2AF1 y XPO1.

Este panel permite obtener información clínicamente relevante que permita determinar el pronóstico y tratamiento personalizado idóneo de cada paciente. Asimismo, puede ser de gran utilidad en el estudio de perfiles moleculares de tumores de origen desconocido permitiendo establecer un probable origen primario de la neoplasia. En pacientes con múltiples tumores el estudio comparativo de los diferentes perfiles moleculares permite establecer con certeza si se trata de tumores sincrónicos, metastásicos o de diferentes primarios.

1.4. Panel de NGS para la cuantificación de TUMOR MUTATIONAL LOAD (TMB) o Carga Mutacional Tumoral.

Análisis y cuantificación del Tumor Mutational Burden (TMB). Cuantificación de mutaciones no-sinónimas (missense, nonsense e indels) en 1,7 Mb de DNA genómico (1,2Mb de secuencias exónicas).

Este panel permite identificar pacientes con neoplasias sólidas candidatos a tratamiento con inmunoterapia.

1.5. Panel de NGS de 409 genes y cuantificación simultánea de TUMOR MUTATIONAL LOAD (TMB) (DNA).

Detección de mutaciones no-sinónimas (missense, nonsense e indels) en 409 genes (ABL1, ABL2, ACVR2A, ADAMTS20, AFF1, AFF3, AKAP9, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, APC, ARID1, ARID2, ARNT, ASXL1, ATF1, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AURKC, AXL, BAI3, BAP1, BCL10, BCL11A, BCL11B, BCL2, BCL2L1, BCL2L2, BCL3, BCL6, BCL9, BCR, BIRC2, BIRC3, BIRC5, BLM, BLNK, BMPR1A, BRAF, BRD3, BTK, BUB1B, CARD11, CASC5, CBL, CCND1, CCND2, CCNE1, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDH11, CDH2, CDH20, CDH5, CDK4, CDK6, CDK8, CDK12, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CHEK1, CHEK2, CIC, CKS1B, CMPK1, COL1A1, CRBN, CREB1, CREBBP, CRKL, CRTC1, CSF1R, CSMD3, CTNNA1, CTNNB1, CYLD, CYP2C19, CYP2D6, DAXX, DCC, DDB2, DDIT3, DDR2, DEK, DICER1, DNMT3A, DPYD, DST, EGFR, EML4, EP300, EP400, EPHA3, EPHA7, EPHB1, EPHB4, EPHB6, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ESR1, ETS1, ETV1,ETV4, EXT1, EXT2, EZH2, FAM123B, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCF, FANCG, FANCJ, FAS, FBWX7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FLCN, FL1, FLT1, FLT3, FLT4, FN1, FOXL2, FOXO1, FOXO3, FOXP1, FOXP4, FZR1, G6PD, GATA1, GATA2, GATA3, GDNF, GNA11, GNAQ, GNAS, GPR124, GRM8, GUCY1A2, HCAR1, HIF1A, HLF, HNF1A, HOOK3, HRAS, HSP90AA1, HSP90AB1, ICK, IDH1, IDH2, IGF1R, IGF2, IGF2R, IKBKB, IKBKE, IKZF1, IL2, IL21R, IL6ST, IL7R, ING4, IRF4, IRS2, ITGA10, ITGA9, ITGB2, ITGB3, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KAT6B, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KIT, KLF6, KRAS, LAMP1, LCK, LIFR, LPHN3, LPP, LRP1B, LTF, LTK, MAF, MAFB, MAGEA1, MAGI1, MALT1, MAML2, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, , MAP3K7, MAPK1, MAPK8, MARK1, MARK4, MBD1, MCL1, MDM2, MDM4, MEN1, MET, MITF, MLH1, MLL, MLL2, MLL3, MLLT10, MMP2, MN1, MPL, MRE11A, MSH2, MSH6, MTOR, MTR, MTRR, MUC1, MUTYH, MYB, MYC, MYCL1, MYCN, MYD88, MYH11, MYH9, NBN, NCOA1, NCOA2, NCOA4, NF1, NF2, NFE2L2, NFKB1, NFKB2, NIN, NKX2-1, NLRP1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH4, NPM1, NRAS, NSD1, NTRK1, NTRK3, NUMA1, NUP214, NUP98, PALB2, PAK3, PARP1, PAX3, PAX5, PAX7, PAX8, PBRM1, PBX1, PDE4DIP, PDGFB, PDGFRA, PDGFRB, PER1, PGAP3, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIM1, PKHD1, PLAG1, PLCG1, PLEKHG5, PML, PMS1, PMS2, POT1, POU5F1, PPARG, PP2R1A, PRDM1, PRKAR1A, PRKDC, PSIP1, PTCH1, PTEN, PTGS2, PTPN11, PTPRD, PTPRT, RAD50, RAF1, RALGDS, RARA, RB1, RECQL4, REL, RET, RHOH, RNASEL, RNF2, RNF213, ROS1, RPS6K42, RRM1, RUNX1, RUNX1T1, SAMD9, SBDS, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, SEPT9, SETD2, SF3B1, SGK1, SH2D1A, SMAD2, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMO, SMUG1, SOCS1, SOX11, SOX2, SRC, SSX1, STK1, STK36, SUFU, SYK, SYNE1, TAF1, TAF1L, TAL1, TBX22, TCF12, TCF3, TCF7L1, TCF7L2, TCL1A, TET, TET1, TFE3, TGFBR2, TGM7, THBS1, TIMP3, TLR4, TLX1, TNFAIP3, TNFRSF14, TNK2, TOP1, TP53, TPR, TRIM24, TRIM33, TRIP11, TRRAP, TSC1, TSC2, TSHR, UBR5, UGT1A, USP9X, VHL, WAS, WHSC1, WRN, WT1, XPA, XPC, XPO1, XRCC2, ZNF384 y ZNF521) y análisis y cuantificación simultanea del Tumor Mutational Burden (TMB). Cobertura de 1,7 Mb de DNA genómico (1,2Mb de secuencias exónicas)

Este panel permite un análisis exhaustivo de alteraciones a nivel de DNA de 409 genes ofreciendo información crucial a nivel diagnóstico, pronóstico y terapéutica. En este sentido la inclusión del TMB en el análisis permite identificar pacientes con neoplasias sólidas candidatos a tratamiento con inmunoterapia.

1.6. Panel de NGS, BRCA1 y BRCA2. Estudio de mutaciones somáticas.

Estudio mediante secuenciación masiva de indels, inversiones, sustituciones así como de deleciones o duplicaciones de exones enteros en el 100% de las regiones codificantes y sus secuencias intrónicas flanqueantes de los genes BRCA1 y BRCA2.

Determinados pacientes con carcinoma de ovario, mama y páncreas cuyos tumores sean portadores de alguna mutación somática en los genes BRCA1 y/o BRCA2 pueden beneficiarse del tratamiento con inhibidores de la poli (ADP- ribosa) polimerasa (PARP).

2. BIOPSIA LÍQUIDA. PANELES NGS PARA EL ESTUDIO DE ctDNA y/o ctRNA EN SANGRE PERIFÉRICA.

2.1. Panel de NGS de Biopsia Líquida. 11 genes (ctDNA).

Estudio de DNA tumoral circulante (ctDNA) mediante secuenciación masiva para la detección de mutaciones (driver y de resistencia a terapias dirigidas) e indels, en 11 genes relacionados con cáncer. Detección de más de 160 variantes (mutaciones hotspot e indels) en los genes ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, PIK3CA, ROS1 y TP53. Este panel permite múltiples aplicaciones clínicas:

Caracterización de tumores en pacientes donde no es posible obtener una biopsia.Numerosos estudios han demostrado una alta correlación entre la detección de mutaciones puntuales clínicamente relevantes, como KRAS o EGFR, en tumores y plasma de pacientes oncológicos, especialmente en estadios avanzados o metastásicos. La FDA aprobó en junio del 2016 el uso de un test de PCR cuantitativa (cobas EGFR Mutation Test v2, Roche) para la detección de mutaciones de EGFR en plasma de pacientes con carcinoma de pulmón no microcítico (NSCLC) que puedan así beneficiarse del uso de inhibidores específicos como Erlotinib.
Aparición de resistencias al tratamiento.La detección de mutaciones de resistencia en el plasma de pacientes en tratamiento, incluso antes de que sea visible su progresión radiológicamente, puede permitir un cambio terapéutico con evidente beneficio clínico y evitar toxicidades innecesarias. La monitorización de la cantidad de ctDNA durante el tratamiento puede a su vez ser un indicador de respuesta.
Factor pronóstico.Aunque los niveles de ctDNA varían dependiendo del tipo de tumor, su velocidad de crecimiento, la tasa de apoptosis y su vascularización, existe una correlación entre la cantidad de ctDNA y el estadio.
Seguimiento no invasivo.La posibilidad de estudiar no solo mutaciones puntuales, sino también paneles de mutaciones cáncer específicas mediante secuenciación masiva de ctDNA, amplia enormemente su utilidad clínica ya que permite abordar el problema de la heterogeneidad tumoral y la aparición de nuevas mutaciones durante la evolución de la enfermedad.

2.2. Panel de NGS de Biopsia Líquida. 52 genes (ctDNA y ctRNA).

Estudio simultaneo de DNA y RNA tumoral circulante (ctDNA y ctRNA) mediante secuenciación masiva para la detección de mutaciones (driver y de resistencia a terapias dirigidas), indels, variaciones en el número de copias y genes de fusión en 52 genes (AKT1, ALK, APC, AR, ARAF, BRAF, CCND1, CCND2, CCND3, CDK4, CDK6, CHEK2, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERG, ESR1, ETV1, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, MYC, NRAS, NTRK1, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, RAF1, RET, ROS1, SF3B1, SMAD4, SMO y TP53) relacionados con cáncer, incluyendo la mutación skipping del exón 14 de MET.

Las aplicaciones clínicas de este panel son las mismas que las detalladas en el punto 2.1 aunque cubriendo un abanico más amplio de genes y el análisis simultáneo de alteraciones que sólo pueden ser detectadas en estudios de ctRNA.

3. PANELES NGS PARA EL ESTUDIO DE MUTACIONES EN SANGRE (LÍNEA GERMINAL).

3.1. Panel de NGS, BRCA1 y BRCA2. Estudio de mutaciones en línea germinal.

Las alteraciones de estos genes, detectadas en línea germinal, son de utilidad en el diagnóstico de algunos tipos de cáncer hereditario como el de mama, ovario y próstata. Asimismo determinados pacientes con carcinoma de ovario, mama y páncreas cuyos tumores sean portadores de alguna mutación en los genes BRCA1 y/o BRCA2 pueden beneficiarse del tratamiento con inhibidores de la poli (ADP- ribosa) polimerasa (PARP).