CÁNCER DE PULMÓN

El gen ALK (Anaplastic Lymphoma Kinase) y el gen EML4 (Echinoderm microtubule associated protein-like 4) se encuentran situados en el brazo corto del cromosoma 2, separados por 12 megabases de secuencia, y orientados en direcciones opuestas.

Se ha descrito recientemente que alrededor del 5% de los carcinomas de pulmón no microcíticos presentan reordenamientos del gen ALK que mayoritariamente conducen a la formación del gen de fusión EML4-ALK. Este gen determina que se exprese una proteína de fusión, un receptor ALK  activado de manera constitutiva.

La detección de la translocación EML4-AKT P permite la selección de pacientes susceptibles de responder al tratamiento con crizotinib, un inhibidor de ALK y c-MET que induce la apoptosis e inhibe el crecimiento celular en aquellos pacientes portadores de la translocación. También se ha destacado recientemente que los pacientes portadores de ésta translocación no responden al tratamiento con inhibidores tirosin-cinasa de EGFR (erlotinib y gefitinib).

Descripción de la técnica:

Secuenciación masiva para la detección de reordenamientos del gen ALK (ALK/EML4, ALK/HIP1, ALK/KIF5B, ALK/KLC1 y ALK/TPR), de ROS1 (ROS1/CD74, ROS1/EZR, ROS1/GOPC, ROS1/LRIG3, ROS1/SDC4, ROS1/SLC34A2 y ROS1/TPM3), del gen RET (RET/CCDC6, RET/CUX1 y RET/KIF5B) y de NTRK1 (NTRK1/CEL, NTRK1/NFASC, NTRK1/IRF2BP2, NTRK1/TFG, NTRK1/QSTM1, NTRK1/SSBP2, NTRK1/DYNC2H1, NTRK1/CD74 y NTRK1/MPRIP).

Retrotranscripción de RNA con SuperScript VILO cDNA kit. Amplificación de librerías de cDNA mediante PCR con el kit Oncomine Solid Tumour Fusion Transcript. Cuantificación de las librerías con Ion Library TaqMan Quantitation Kit. PCR en emulsión, enriquecimiento de ISPs y carga del chip en Ion Chef System. Secuenciación masiva en Ion Personal Genome Machine (PGM) System. Análisis con IonReporter 5.2. ThermoFisher Scientific software.

Tipo de muestra: Tejido tumoral en parafina.