Natalia Rodon1, Marta Salido1,2, Yessica No Garbarino1, Olga Diaz1 , Estefanía García3,Marta Ferrer3, Enric Carcereny3, Eugeni Saigí3 y Xavier Puig1,4,5.
1BIOPAT. Biopatologia Molecular SL. Grup Assistència. Barcelona. 2Laboratorio de Citogenética Molecular. Servicio de Patologia. Hospital del Mar. Barcelona. 3Servicio de Oncologia. SCIAS-Hospital de Barcelona, Grup Assistència. Barcelona. 4HISTOPAT SL. Barcelona. 5SCIAS-Hospital de Barcelona, Grup Assistència. Barcelona.
Background
La detección de alteraciones en el número de copias (CNV) de genes driver es importante en el manejo clínico y tratamiento del carcinoma de pulmon (NSCLC). La amplificación en algunos genes se asocia a resistencia adquirida a tratamientos anti-EGFR mientras que en otros es un criterio de inclusión en ensayos clínicos. La hibridación in-situ fluorescente (FISH) es la técnica gold-standard para el estudio de CNVs pero la introducción de las plataformas de next-generation sequencing (NGS) ha permitido abordar su análisis de manera masiva en un único ensayo, reduciendo la cantidad de tejido necesario y el tiempo de respuesta. El objetivo de este estudio es comparar las CNVs detectadas mediante NGS y FISH.
Design
Estudio retrospectivo de NSCLC analizados con las técnicas de rutina: FISH de ERBB2 y MET, y estudio molecular mediante un panel de NGS de 52 genes (FOCUS. Thermofisher). El software de análisis de NGS reporta CNVs a partir de 5 copias del gen. Se listaron las CNVs detectadas por NGS y se realizó el estudio de FISH cuando se dispuso de la sonda correspondiente (CCND1, EGFR, ERBB2, FGFR1, MET y MYC, Zytovision). Además, para ERBB2 y MET se realizó un análisis comparativo del número de copias detectado por ambas técnica.
Results
Se incluyeron 201 NSCLC (43.8% mujeres, media 68 años). La NGS detectó CNVs en genes no testados de rutina mediante FISH: MYC(6%), FGFR1(3,5%), CCND1(2%), NF1(1,5%), EGFR(1%), CDK6(1%) y KRAS(0,5%) en 31 pacientes(15.4%). El estudio mediante FISH de MYC, FGFR1, CCND1 y EGFR confirmó el 100% de estas alteraciones (Tabla 1). El número medio de copias detectadas por FISH fue 10,6. Sólo 2 de 8 (25%) casos ERBB2 amplificados por FISH y 2 de 4 (50%) MET positivos fueron también detectados por NGS. Los 4 tenían más de 10 copias del gen en el contaje de FISH, mientras que los casos discordantes tenían menos de 8 y heterogeneidad en el número de copias.
Conclusion
La técnica FISH para ERBB2 y MET es superior a la técnica de NGS para la detección de CNVs cuando las células presentan menos de 10 copias del gen o cuando existe heterogeneidad tumoral. La NGS y la FISH presentan la misma capacidad de detección de CNVs para los genes MYC, FGFR1, CCND1 y EGFR. La utilización rutinaria de un panel de NGS y FISH de ERBB2 y MET permite una correcta evaluación de CNVs en NSCLC.
TABLA 1. Genes con CNV, incidencia en la serie (N=201), número medio de copias de cada gen y comparación de NGS y FISH.
– FISH no realizado (sonda de FISH no disponible).
*Un estudio de FISH fue no informativo debido al estado subóptimo del tejido tumoral.
Comunicación oral
XXX Congreso Nacional de la
Sociedad Española de Anatomía Patológica
26-28 de mayo de 2021 (on line)