Los perfiles moleculares obtenidos tanto de DNA como de RNA tumoral pueden guiar el manejo clínico de los pacientes con cáncer, aportando información para el diagnóstico, pronóstico o para la identificación del tratamiento personalizado potencialmente idóneo en cada paciente, determinando su elegibilidad para la administración de:
- Una terapia dirigida aprobada para su tipo de tumor y perfil molecular.
- Una terapia dirigida disponible para su alteración molecular específica pero aprobada en otro tipo de tumor.
- Una terapia dirigida, disponible sólo en ensayos clínicos con fármacos en desarrollo, para su alteración molecular específica.
Por último, las alteraciones moleculares pueden ser de utilidad en la monitorización de la respuesta a determinados tratamientos dirigidos.
En la actualidad, el estudio del perfil molecular de neoplasias como la de pulmón, colon, ovario, endometrio, vejiga, tiroides y melanoma, entre otras, requiere la caracterización de varios genes diferentes. Los estudios se realizan gen a gen, cada uno con una técnica específica, lo que hace imprescindible disponer de suficiente tejido tumoral de partida para realizar todos los estudios y supone una elevada inversión de tiempo en la realización, análisis e interpretación de cada uno de ellos.
Con el fin de escapar de estas limitaciones, conseguir mejorar los tiempos de respuesta y evitar que la escasa disponibilidad de DNA y/o RNA impida el estudio completo de todos los genes implicados en cada neoplasia se han desarrollado las nuevas tecnologías de Next Generation Sequencing (NGS), conocidas también como técnicas de secuenciación masiva. La NGS permite el estudio de múltiples genes en un único ensayo partiendo de una concentración inicial de DNA o RNA extremadamente baja (10ng) y sus aplicaciones son diversas, permitiendo secuenciar desde el genoma completo del paciente a paneles de genes seleccionados como relevantes según la neoplasia en estudio.
BIOPSIA LÍQUIDA
El término biopsia líquida en oncología engloba dos conceptos distintos, la detección de células tumorales circulantes (CTCs) liberadas al torrente sanguíneo desde tumores primarios o metástasis y la detección de DNA tumoral circulante (ctDNA) procedente de células tumorales apoptóticas. La presencia de ctDNA fue descrita en 1977 no obstante, debido a su fragmentación y la baja de proporción de ctDNA presente en plasma, su utilidad clínica se ha visto íntimamente ligada a la aparición de nuevas tecnologías de alta sensibilidad como la PCR cuantitativa alelo-específica, la PCR digital, BEAMing y técnicas secuenciación masiva. Estas nuevas tecnologías abren un amplio abanico de aplicaciones clínicas para el estudio de ctDNA: - Caracterización de tumores en pacientes donde no es posible obtener una biopsia. - Aparición de resistencias al tratamiento. - Factor pronóstico. - Seguimiento no invasivo.
TUMOR MUTATIONAL BURDEN (TMB) O CARGA MUTACIONAL TUMORAL: ANÁLISIS Y CUANTIFICACIÓN DEL TMB MEDIANTE SECUENCIACIÓN MASIVA
La aparición de inhibidores de checkpoints inmunes ha cambiado el paradigma de tratamiento en varios tipos de tumores sólidos. La selección de pacientes potencialmente susceptibles de responder a estos tratamientos precisa de biomarcadores predictivos robustos. Actualmente se está estableciendo el papel del Tumor Mutational Burden (TMB), o Carga Mutacional Tumoral, como factor predictivo de respuesta a inmunoterapia. El TMB se define como el número de mutaciones somáticas detectadas por Megabase de DNA tumoral (nº mutaciones/Mb).
Estudio molecular del ganglio centinela en el carcinoma de mama (OSNA)
OSNA (One Step Nucleic Acid Amplification) es un método molecular que determina la cantidad de ARNm de la citoqueratina 19 (CK19), marcador de células epiteliales, estudiando la totalidad del ganglio o ganglios linfáticos de manera automatizada. Este método es de gran utilidad para el estudio de ganglio centinela en el carcinoma de mama y permite la cuantificación de la carga tumoral durante el acto operatorio con una sensibilidad superior al 95% evitando reintervenciones por falsos negativos.
Detección de micrometástasis en ganglio centinela mediante OSNA (a) e inmunohistoquímica (PANK, 200x) (b).
RERTEST. PREDICCIÓN DE INESTABILIDAD DE MICROSATÉLITES EN EL CARCINOMA DE COLON Y RECTO
La inestabilidad de microsatélites (MSI-H) en el carcinoma de colon y recto (CCR) es un parámetro molecular de utilidad clínica, tanto por su valor pronóstico y predictivo como por su relación con alta incidencia de síndrome de Lynch (cáncer de colon hereditario no asociado a poliposis). RERTEST6 es una fórmula de predicción que, a partir de seis parámetros recogidos en el estudio patológico de rutina, permite predecir la MSI-H en el cáncer de colon y recto con un valor predictivo negativo del 97,9%. Una segunda versión, RERTEST8, incorpora además dos parámetros inmunohistoquímicos, los porcentajes de expresión de Ki67 y de p53.
