CÁNCER COLORECTAL

El estado mutacional de los genes KRAS y BRAF determina la respuesta a tratamiento con anticuerpos monoclonales (cetuximab, panitumumab), capaces de bloquear la actividad del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR), en pacientes con carcinoma colorrectal metastásico. Por esta razón, la detección de estas mutaciones en una amplia gama de muestras se ha convertido en indispensable.

La determinación simultánea de las mutaciones de KRAS y BRAF mediante amplificación selectiva de DNA genómico mutado e hibridación con sondas alelo-especificas, permite alcanzar una sensibilidad del 1-5% de copias de DNA mutadas, superior a la alcanzada con la técnica de secuenciación clásica (dideoxy) que está establecida entre 15-20%. La obtención de esta mayor sensibilidad tiene especial importancia en muestras con poca representación tumoral, en tejidos que presentan una fijación subóptima, un alto porcentaje de necrosis o infiltrado inflamatorio.

 

Descripción de la técnica:

Detección de deleciones, inserciones, inversiones y sustituciones en targeted-regions y hotspot  en 22 genes (EGFR, ALK, ERBB2, ERBB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, DDR2, KRAS, PIK3CA, BRAF, AKT1, PTEN, NRAS, MAP2K1, STK11, NOTCH1, CTNNB1, SMAD4, FBXW7 y TP53)  mediante secuenciación masiva.

Amplificación de librerías de DNA mediante PCR con el kit Oncomine Solid Tumour DNA. Cuantificación de las librerías con Ion Library TaqMan Quantitation Kit. PCR en emulsión, enriquecimiento de ISPs y carga del chip en Ion Chef System. Secuenciación masiva en Ion Personal Genome Machine (PGM) System. Análisis con IonReporter 5.2. ThermoFisher Scientific software.

Tipo de muestra: Tejido tumoral en parafina.