CÁNCER DE PULMÓN
Las mutaciones en el receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) presentes en aproximadamente el 15% de los adenocarcinomas de pulmón, correlacionan con una mayor respuesta a tratamiento con inhibidores tirosina kinasa (TKIs) y con un consecuente aumento del intervalo libre de recidiva. Estas mutaciones son especialmente frecuentes en adenocarcinomas de patrón lepídico no mucinoso.
La necesidad de establecer con exactitud el estado mutacional de EGFR y el hecho de que en la gran mayoría de casos de cáncer de pulmón sólo disponemos de biopsia endoscópica por diagnosticarse en fases avanzadas fuera de indicación quirúrgica, ha potenciado la aparición de técnicas de alta sensibilidad, como la basada en la amplificación por PCR a tiempo real, que permite alcanzar una sensibilidad del 1-5% de copias de DNA mutadas, superior a la alcanzada mediante la técnica de secuenciación clásica (dideoxy) establecida entre el 15-20%. La obtención de esta mayor sensibilidad tiene especial importancia en muestras con poca representación tumoral o en el estudio de tumores con un patrón morfológico compatible con la presencia de mutación.
Descripción de la técnica:
Detección de deleciones, inserciones, inversiones y sustituciones en targeted-regions y hotspot en 22 genes (EGFR, ALK, ERBB2, ERBB4, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, DDR2, KRAS, PIK3CA, BRAF, AKT1, PTEN, NRAS, MAP2K1, STK11, NOTCH1, CTNNB1, SMAD4, FBXW7 y TP53) mediante secuenciación masiva.
Amplificación de librerías de DNA mediante PCR con el kit Oncomine Solid Tumour DNA. Cuantificación de las librerías con Ion Library TaqMan Quantitation Kit. PCR en emulsión, enriquecimiento de ISPs y carga del chip en Ion Chef System. Secuenciación masiva en Ion Personal Genome Machine (PGM) System. Análisis con IonReporter 5.2. ThermoFisher Scientific software.
Tipo de muestra: Tejido tumoral en parafina.